기업부설연구소 관련 연구인력개발비 세액공제와 통합고용세액공제는 중복하여 적용받을 수 있습니다.
다만, 조세특례제한법 제127조 제1항에 따라 통합고용세액공제는 고용증대세액공제 또는 중소기업 사회보험료 세액공제를 받지 아니한 경우에만 적용 가능합니다. 따라서 연구인력개발비 세액공제와 통합고용세액공제를 동시에 적용받기 위해서는 고용증대세액공제나 중소기업 사회보험료 세액공제를 받지 않아야 합니다.
참고로, 2022년까지 적용되던 고용증대세액공제는 2024년 12월 31일까지 적용되며, 2023년부터는 통합고용세액공제가 신설되었습니다. 두 규정의 중복 적용 배제에 대한 국세청 유권해석(서면법인-1263, 2023.6.8.)에 따르면, 2022년 고용증대세액공제를 받은 경우 2023년에는 고용증대세액공제 또는 통합고용세액공제 중 하나를 선택하여 적용받아야 합니다.