부당행위계산 부인은 과세 목적상 소득금액을 재계산하기 위한 제도로, 거래 자체의 법률적 효력까지 부인하는 것은 아닙니다. 즉, 거래 당사자 간의 사법상 법률행위는 유효하게 존속합니다.
다만, 부당행위계산 부인이 적용될 경우 다음과 같은 영향이 있습니다:
법인의 소득 재계산: 과세관청은 부당행위계산으로 인해 감소된 법인의 소득을 시가 기준으로 재계산합니다. 이 과정에서 익금산입 또는 손금불산입이 이루어집니다.
거래 상대방에 대한 영향: 일반적으로 법인의 소득 재계산 시 거래 상대방의 취득가액 등이 자동으로 조정되지 않습니다. 예를 들어, 법인이 특수관계자에게 자산을 저가로 양도한 경우, 법인의 양도차익만 시가 기준으로 재계산될 뿐, 저가로 취득한 특수관계자의 취득가액은 그대로 인정됩니다. 이로 인해 추후 해당 자산을 양도할 때 양도차익이 커져 추가적인 세 부담이 발생할 수 있습니다.
이중과세 가능성: 위와 같이 거래 상대방의 취득가액이 조정되지 않아 발생하는 추가적인 세 부담은 이중과세의 문제가 될 수 있습니다. 다만, 동일한 납세자에게 이중과세가 발생하지 않는 경우에는 대응되는 조정이 이루어질 수 있습니다.
결론적으로, 부당행위계산 부인은 법인의 세 부담을 증가시킬 뿐만 아니라, 거래 상대방에게도 잠재적인 세 부담 증가 또는 이중과세의 문제를 야기할 수 있습니다.