위탁과제를 수행하는 학교에서 거래처에 부가가치세 면세 적용을 요청하면, 구매 시 부가가치세가 면제되는 것이 맞나요?

위탁과제를 수행하는 학교에서 거래처에 부가가치세 면세 적용을 요청하더라도, 일반적으로 구매 시 부가가치세가 면제되지 않습니다.

부가가치세는 재화나 용역을 공급하는 사업자가 공급받는 자로부터 거래징수하는 세금입니다. 부가가치세법상 면세되는 교육용역의 경우, 해당 교육용역을 제공하는 사업자에게 부가가치세가 면제되는 것이지, 교육용역을 제공받기 위해 학교가 구매하는 물품이나 용역에 대해 일률적으로 면세가 적용되는 것은 아닙니다.

다만, 학교가 직접 교육용역을 제공하는 경우로서 「부가가치세법 시행령」 제30조에 따른 교육용역의 범위에 해당하고, 정부의 허가·인가 등을 받은 경우에는 해당 교육용역에 대해 부가가치세가 면제될 수 있습니다. 그러나 이는 학교가 제공하는 교육용역 자체에 대한 면세이며, 학교가 연구 과제 수행을 위해 물품을 구매하는 경우에는 일반적인 구매 거래와 동일하게 과세 대상이 됩니다.

따라서 학교에서 위탁과제를 수행하며 물품을 구매할 때, 거래처에 부가가치세 면세를 요청하더라도 원칙적으로는 부가가치세가 과세되며, 학교는 공급받는 자로서 해당 부가가치세를 부담하게 됩니다. 만약 연구 과제의 특성상 부가가치세가 사업비에서 집행되지 않고 공급가액만 집행 가능한 경우라면, 부가가치세는 별도로 지급해야 합니다.