결론:
사업을 포괄적으로 양수받는 자는 「부가가치세법」 제52조 제4항 및 같은 법 시행령 제95조 제5항에 따라 양수 대가를 양도인에게 지급하는 때에 해당 부가가치세를 관할 세무서장에게 신고·납부하는 경우, 양수받는 자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 부담한 매입세액은 자기의 매출세액에서 공제받을 수 있습니다.
근거:
사업의 포괄적 양도·양수: 사업장별로 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 거래를 의미합니다. 이러한 거래는 「부가가치세법」상 재화의 공급으로 보지 않아 원칙적으로 세금계산서 발급 의무가 없습니다.
대리납부: 사업 양수자는 양도인으로부터 부가가치세를 징수하여 관할 세무서장에게 납부할 수 있습니다. 이 경우 양수인은 해당 매입세액을 자기의 매출세액에서 공제받을 수 있습니다.
매입세액 공제 요건: 양수인이 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 부담한 매입세액이어야 합니다.
주의사항:
사업의 포괄적 양도·양수에 해당하는지 여부는 계약 내용뿐만 아니라 실제 거래의 실질을 종합적으로 판단해야 합니다.
만약 포괄적 양도·양수에 해당함에도 불구하고 세금계산서를 발급하거나, 해당하지 않음에도 불구하고 세금계산서를 발급하지 않는 경우에는 가산세 등의 불이익이 발생할 수 있습니다.
양수인이 대리납부 신고를 하였으나 실제 납부를 하지 않고 조기환급을 신청하는 경우, 해당 세액이 충당 대상이 되는지에 대해서는 구체적인 사실관계 확인이 필요합니다.