총괄납부 승인을 받은 사업자가 본점과 지점 간 계약을 본점 명의로 발행하는 경우, 이는 재화 또는 용역의 공급으로 보지 않아 원칙적으로 세금계산서 발행 의무가 없습니다. 그러나 본점에서 계약, 발주, 대금 지급 등 거래의 전부 또는 일부를 수행하고 본점 명의로 세금계산서를 발행하는 경우, 적법한 세금계산서라면 매입세액 공제가 가능합니다.
이 경우, 세금계산서에는 공급하는 사업자로서 본점의 등록번호와 성명 또는 명칭을 기재해야 하며, 공급받는 자는 지점의 등록번호를 기재해야 합니다. 또한, 거래의 실질 내용에 맞게 사실과 다르게 기재되지 않도록 주의해야 합니다. 만약 본점과 지점 간의 거래가 실질적으로 재화 또는 용역의 공급에 해당하지 않음에도 불구하고 세금계산서를 발행하는 경우, 이는 사실과 다른 세금계산서로 간주되어 가산세 등 불이익을 받을 수 있습니다.