비영리법인에게 직원의 인건비 및 운영경비 명목으로 금액을 지급하는 경우, 해당 지급액이 법인세법상 수익사업에서 발생한 소득에 해당하거나 원천징수 대상 사업소득에 해당한다면 원천징수 의무가 발생할 수 있습니다. 단순히 비영리법인이라는 이유만으로 원천징수 의무가 면제되는 것은 아닙니다.
비영리법인이라 할지라도 수익사업을 영위하는 경우 해당 수익사업에서 발생한 소득에 대해서는 법인세를 납부해야 하며, 인건비나 운영경비 명목으로 지급되는 금액이 근로소득, 사업소득 등 원천징수 대상 소득에 해당하면 원천징수 의무가 발생합니다.
특히, 비영리법인이 수행하는 사업이 법인세법 시행령 제2조에 따른 수익사업에 해당하거나, 소득세법 제127조에 따른 원천징수 대상 사업소득에 해당한다면, 지급하는 법인은 원천징수 의무를 이행해야 합니다. 지급하는 금액의 성격과 비영리법인의 사업 목적 및 수익사업 영위 여부에 따라 원천징수 의무 발생 여부가 달라지므로, 구체적인 사실관계를 바탕으로 판단해야 합니다.