연구·인력개발비 세액공제액은 일반적으로 농어촌특별세가 비과세됩니다. 즉, 세액공제 또는 감면을 받은 경우 그 공제·감면 세액의 20%를 농어촌특별세로 납부해야 하지만, 연구·인력개발비 세액공제는 이러한 농어촌특별세가 부과되지 않습니다.
다만, 최저한세는 법인세법 제59조 및 조세특례제한법 제132조에 따라 일정 수준 이상의 세액을 납부하도록 하는 제도로, 세액공제 및 감면을 적용하기 전에 계산된 법인세액이 최저한세액보다 적은 경우, 최저한세액만큼만 법인세를 납부하게 됩니다. 따라서 최저한세 적용 대상인 세액공제와 연구·인력개발비 세액공제가 함께 있는 경우, 세액공제 적용 순서에 따라 최저한세 적용 대상 공제가 먼저 적용될 수 있습니다. 이 경우 연구·인력개발비 세액공제액 중 일부가 최저한세 적용으로 인해 이월될 수 있습니다.