연차 선사용 후 중도 퇴직 시, 선사용 일수에 해당하는 금액을 임금에서 공제하는 것은 원칙적으로 근로자의 동의가 필요합니다. 이는 근로기준법 제43조에 따른 임금 전액 지급 원칙 때문입니다. 법령이나 단체협약에 특별한 규정이 없는 한, 사용자가 임의로 임금을 공제할 수 없으며, 근로자의 동의가 없는 공제는 법 위반에 해당할 수 있습니다.
따라서, 연차 선사용 제도를 운영하는 경우, 연차 신청서 등에 퇴사 시 초과 사용한 연차에 대한 임금 공제에 대한 근로자의 동의 문구를 포함하여 미리 받아두는 것이 바람직합니다. 이 경우, 공제 금액은 통상임금 또는 평균임금을 기준으로 계산하며, 퇴직금 산정을 위한 평균임금 계산 시에는 해당 금액을 포함하지 않는 것이 일반적입니다.
