면세 대상: 「노인장기요양보험법」에 따른 장기요양기관이 장기요양인정을 받은 자에게 제공하는 신체활동, 가사활동 지원 또는 간병 등의 용역은 부가가치세가 면제됩니다. 또한, 「사회복지사업법」에 따른 사회복지사업으로서 국가 및 지방자치단체 외의 자가 보호대상자에게 제공하는 사회복지서비스 이용권을 대가로 공급하는 용역도 면세 대상입니다.
과세 대상: 면세 대상에 해당하지 않는 용역이나 재화(예: 일부 임대 수입 등)를 제공하는 경우에는 부가가치세가 과세될 수 있습니다.
2. 소득세 및 법인세
개인사업자: 개인으로 운영되는 장기요양기관은 사업소득에 대해 종합소득세를 신고·납부해야 합니다. 다만, 「사회복지사업법」에 따른 사회복지사업 및 「노인장기요양보험법」에 따른 장기요양사업에서 발생하는 소득은 소득세법 시행령 제36조에 따라 과세가 배제될 수 있습니다.
법인사업자: 법인으로 운영되는 경우, 법인세법에 따라 법인세를 신고·납부해야 합니다. 비영리법인의 경우, 관련 법령에 따라 세제 혜택이 적용될 수 있습니다.
3. 지방세
법인 구분: 고유번호증의 중간 번호가 80(개인면세) 또는 82(비영리법인)인 경우, 지방세법상 '사회복지법인등'으로 인정되어 '기타'가 아닌 '사회복지법인등'(비영리법인)으로 분류됩니다.
주민세: '사회복지법인등'에 해당하는 경우 주민세 면제 혜택을 받을 수 있습니다. (지방세특례제한법 제22조 제3항)