코트라 해외지사화 사업의 기업부담금에 대한 부가가치세 매입세액 공제는 일반적으로 어렵습니다. 부가가치세법상 매입세액 공제를 받기 위해서는 국내에서 발급되는 세금계산서가 필요하지만, 해외에서 발생한 용역에 대해서는 세금계산서 수취가 불가능하기 때문입니다. 또한, 해당 비용이 과세사업과 관련된 경우에만 매입세액 공제가 가능하며, 비과세 사업과 관련된 경우에는 공제가 제한됩니다.
만약 해외에서 발생한 비용에 대해 부가가치세가 부과되었다 하더라도, 국내에서 세금계산서를 발급받지 못했다면 매입세액 공제가 불가합니다. 이는 해외에서 부담한 부가가치세의 경우, 국내 부가가치세법에 따른 세금계산서 수취 요건을 충족하지 못하기 때문입니다. 따라서 코트라 해외지사화 사업의 기업부담금에 대한 부가가치세 매입세액 공제 가능 여부는 해당 사업의 성격과 비용 발생 국가에서의 세금계산서 발급 가능 여부 등을 종합적으로 검토해야 합니다.