어린이집은 「부가가치세법」 제26조 제1항 제6호 및 같은 법 시행령 제36조 제1항 제1호에 따라 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 등록·신고된 시설에서 학생 등에게 지식, 기술 등을 가르치는 경우 부가가치세가 면제됩니다.
이는 「영유아보육법」에 따른 어린이집을 포함하며, 국공립 또는 직장 어린이집 운영을 위탁받은 경우에도 동일하게 적용됩니다. 따라서 어린이집에서 제공하는 교육 용역은 원칙적으로 부가가치세 면세 대상입니다.
다만, 어린이집이 보육 외에 별도의 임대료 수입이나 물품 판매 등 과세 대상이 될 수 있는 부수입이 발생하는 경우에는 해당 부분에 대해 과세될 수 있습니다. 또한, 부가가치세는 면제되더라도 어린이집 운영을 위해 물품을 구매하고 받은 세금계산서의 합계표는 과세기간 종료 후 25일 이내에 관할 세무서장에게 제출해야 합니다. 이 합계표 제출은 부가가치세 환급을 위한 것이 아니며, 제출하지 않더라도 가산세는 부과되지 않습니다.