면세와 관련된 매입세액은 부가가치세 신고 시 매입세액 단계에서 공제받을 수 없는 항목으로 처리됩니다. 즉, 매입세액 단계에서 공제받는 것이 아니라, 매입세액 불공제 항목으로 분류되어 공제받지 못하는 것으로 반영해야 합니다.
부가가치세법에 따르면, 면세사업에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제되지 않습니다. 이는 면세 제도의 취지에 따라 부가가치세의 역진성을 완화하고 기초생활필수품 등을 지원하기 위함입니다. 따라서 면세 재화나 용역을 공급하는 사업과 관련된 매입세액은 공제 대상에서 제외됩니다.