네, 면세코너와 일반코너가 합쳐진 카드 영수증에서 일반코너 부분의 부가가치세가 명확히 기재되어 있다면 해당 부분은 매입세액 공제가 가능합니다.
부가가치세법상 매입세액 공제는 과세 대상 재화 또는 용역을 공급받고 세금계산서, 신용카드매출전표, 현금영수증 등 적격 증빙을 수취한 경우에 가능합니다. 질문자님의 경우, 일반코너 구매분에 대한 부가가치세가 명확히 나와 있고 카드 영수증이 적격 증빙으로 인정된다면, 해당 부가가치세액만큼 매입세액 공제를 신청할 수 있습니다.
다만, 면세코너에서 구매한 부분에 대해서는 부가가치세가 부과되지 않으므로 매입세액 공제가 불가능합니다. 따라서 영수증 상에서 면세분과 일반분 구매 내역을 명확히 구분하여 일반분 구매에 해당하는 부가가치세액만 공제받으셔야 합니다.