사업과 직접 관련 없는 지출: 사업 운영과 무관한 자산의 취득, 유지, 수선비 등은 공제받을 수 없습니다. 예를 들어, 법인 회장이 사용하는 아파트의 비품 구입 비용 등이 해당될 수 있습니다.
개별소비세 대상 자동차 관련 비용: 운수업, 자동차 판매업 등 차량을 사업에 직접 사용하는 업종을 제외하고는 개별소비세 대상 자동차의 구입, 임차, 유지에 관한 매입세액은 공제되지 않습니다.
기업업무추진비(접대비): 거래처 접대 목적으로 사용된 골프회원권 구입 비용 등은 매입세액 공제가 불가능합니다.
면세사업 관련 매입세액: 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우, 면세사업에만 관련된 매입세액은 공제받을 수 없습니다. 예를 들어, 시내버스 여객운송업(면세)과 광고사업(과세)을 겸영하는 경우, 버스 구입비, 유류비 등은 면세사업에 필수적인 비용으로 간주되어 광고사업 매출세액에서 공제될 수 없습니다.
토지 관련 매입세액: 토지의 취득, 형질 변경, 기존 건축물 철거 후 토지만 사용하는 경우 등 토지와 관련된 매입세액은 공제되지 않습니다.
사업자 등록 전 매입세액: 원칙적으로 사업자 등록일 이후의 매입분부터 공제가 가능하지만, 특정 기한 내에 사업자 등록을 신청하는 경우에는 예외적으로 공제가 인정될 수 있습니다.
이러한 경우에 해당하면 부가가치세 신고 시 매입세액 공제를 받을 수 없으므로 유의해야 합니다.