공동도급 공사에서 대표회사인 A회사가 일용인건비 100만원을 전액 지급하고 신고한 경우, 해당 인건비 100만원은 A회사의 비용으로 처리됩니다. B회사는 자신의 지분(51%)에 해당하는 인건비 51만원을 A회사로부터 지급받는 형태로 정산하게 됩니다. 이 경우, A회사가 B회사에게 지분만큼 세금계산서를 발행하는 것은 실제 용역 제공에 대한 대가가 아니므로 부가가치세 과세표준에 포함되지 않습니다. 다만, 세금계산서 합계표는 제출해야 합니다.
일용노무비는 세금계산서, 계산서 또는 영수증 교부 대상이 아니므로, 지출된 인건비의 배분은 공정하고 타당하다고 인정되는 회계 관습에 따라 처리해야 합니다. 따라서 A회사는 지급한 인건비 100만원 전체를 비용으로 처리하고, B회사는 A회사에 51만원을 정산해주는 방식으로 회계 처리하면 됩니다.