총괄납부 사업장에서 본점은 환급세액이 발생하고 지점은 납부세액이 발생하는 경우, 지점에서 발생한 납부세액을 본점에서 합산하여 납부할 수 있습니다. 주사업장총괄납부 제도는 여러 사업장의 납부세액을 주된 사업장에서 일괄하여 납부할 수 있도록 하여 납부 절차를 간소화하는 제도입니다. 따라서 지점에서 발생한 납부세액을 별도로 납부할 필요는 없습니다.
다만, 부가가치세 신고 자체는 각 사업장별로 개별적으로 이루어져야 합니다. 즉, 각 지점은 개별적으로 신고서를 작성해야 하며, 그 결과 납부해야 할 세액을 주사업장에서 합산하여 납부하는 방식입니다.