농지전용허가 용역과 관련하여 지출한 비용 중 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 취득원가를 구성하는 부분에 해당하는 매입세액은 부가가치세 공제가 되지 않습니다.
이는 토지의 취득 및 형질변경, 택지 조성 등 토지의 가치를 증대시키는 자본적 지출에 관련된 매입세액은 면세사업 관련 매입세액으로 보아 공제하지 않도록 규정하고 있기 때문입니다.
다만, 사업의 실제 내용, 비용의 목적 및 지출 경위 등을 종합적으로 고려하여 토지 관련 매입세액과 비관련 매입세액을 개별적으로 판단해야 합니다. 예를 들어, 단순히 사업 준비나 영향 분석을 위한 조사비 등은 토지 관련 매입세액으로 보지 않을 수 있습니다.