네, 세무서는 개인사업자의 차량이 사업용으로 사용되었는지 여부를 판단하기 위해 주유 기록, 하이패스 기록, 개인 카드 사용 내역 등을 조사하여 개인적인 사용을 입증할 수 있습니다.
차량의 매입 시 부가가치세 공제를 받았다면, 해당 차량은 사업과 관련된 용도로 사용되어야 합니다. 만약 세무 조사 과정에서 제출된 주유 기록, 하이패스 기록, 개인 카드 사용 내역 등을 통해 차량이 사업 목적 외에 개인적인 용도로 사용된 사실이 확인될 경우, 해당 부분에 대한 부가가치세가 추징될 수 있습니다.
따라서 차량의 실제 사용 내역을 종합적으로 판단하며, 운행일지 작성만으로는 개인 사용분에 대한 부가가치세 추징을 완전히 면제받기 어렵습니다. 사업용 사용 내역을 최대한 명확하고 구체적으로 입증하는 것이 중요합니다.