비영리법인이 부동산을 양도할 때 고유목적사업 사용 여부에 따라 세금 차이가 어떻게 되나요?

비영리법인이 부동산을 양도할 때, 해당 부동산이 고유목적사업에 직접 사용되었는지 여부에 따라 법인세 과세 여부가 달라집니다.

1. 고유목적사업에 직접 사용한 경우:

   • 부동산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산의 경우, 해당 부동산 처분으로 발생하는 수입은 법인세가 과세되지 않습니다. 이는 수익사업에서 제외되기 때문입니다.
   • 자산의 유지·관리 등을 위한 부수적인 수입이 발생하는 경우에도 고유목적사업에 직접 사용한 자산으로 봅니다.

2. 고유목적사업에 직접 사용하지 않은 경우:

   • 수익사업용 자산으로 간주되어 처분으로 인한 수입에 대해 법인세가 과세될 수 있습니다.
   • 다만, 비영리내국법인이 수익사업을 하는 경우에도 법인세법 제62조의2에 따른 특례를 적용하여 소득세법상 양도소득세 계산 방식을 선택하여 납부할 수 있습니다.

유의사항:

• '3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산'이란 처분일 현재 3년 이상 중단 없이 고유목적사업에 직접 사용된 고정자산을 의미합니다.
• 수익사업에 속하는 자산을 고유목적사업에 전입한 후 처분하는 경우, 전입 시 시가로 평가한 가액을 취득가액으로 하여 처분으로 발생하는 수입을 계산합니다. (2018. 2. 13. 이후 전입 시)
• 부동산의 취득 경위, 실질적 소유 관계 및 이용 현황 등에 따라 사실 판단이 필요합니다.

결론적으로, 비영리법인이 부동산을 양도할 때 고유목적사업과의 관련성 여부가 세금 부담을 결정하는 중요한 기준이 됩니다.