네, 국세는 본사에서 통합 처리되었으나 지방소득세만 사업장에 잔액이 고립된 상황은 발생할 수 있습니다.
이는 법인 지방소득세가 국세와 달리 각 사업장의 소재지별로 납부해야 하는 특징 때문입니다. 여러 지방자치단체에 사업장을 둔 법인의 경우, 법인 지방소득세를 각 사업장 소재지별로 안분하여 신고 및 납부해야 합니다. 안분 계산 시에는 종업원 수와 건축물 연면적을 기준으로 하며, 이 과정에서 각 사업장별로 납부할 세액이 확정됩니다.
만약 본점 소재지에서 국세는 통합 처리되었더라도, 각 사업장 소재지별로 지방소득세 납부 의무가 분리되어 잔액이 고립된 것처럼 보일 수 있습니다. 특히, 특별시·광역시 내 여러 구에 사업장이 있는 경우 본점 소재지 구에 일괄 신고할 수 있지만, 안분명세서에는 사업장별 현황을 구분해야 합니다. 이러한 안분 계산 및 신고 절차가 제대로 이루어지지 않으면 세액이 특정 사업장에 고립되는 상황이 발생할 수 있습니다.