종교단체가 수익사업을 영위하는 경우, 해당 수익사업에서 발생하는 소득에 대해 법인세가 부과됩니다. 종교단체는 「국세기본법」 제13조에 따라 법인으로 보는 단체에 해당하거나, 「민법」 제32조에 따라 설립된 비영리법인으로서 고유목적사업을 수행하는 경우에도, 수익사업에서 발생하는 소득에 대해서는 일반 법인과 동일하게 법인세 납세의무가 있습니다.
수익사업으로 인정되는 범위는 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 따른 사업 중 수익이 발생하는 사업이며, 예를 들어 부동산 임대업, 출판업 등이 이에 해당할 수 있습니다. 다만, 종교 활동 자체에서 발생하는 헌금, 기부금, 의식비 등은 일반적으로 수익사업으로 간주되지 않아 법인세 과세 대상에서 제외됩니다.
만약 종교단체가 고유목적사업에 직접 사용하던 고정자산을 처분하여 발생하는 소득의 경우, 해당 자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 경우에는 법인세가 과세되지 않을 수 있습니다. 그러나 이 요건을 충족하지 못하거나, 해당 자산이 수익사업용으로 간주되는 경우에는 법인세가 부과될 수 있습니다.