총괄납부 사업장에서 종된 사업장의 부가가치세 수정신고 시, 해당 종된 사업장의 관할 세무서에 수정신고서를 제출하고 추가 납부할 세액이 있다면 함께 납부해야 합니다. 또한, 주된 사업장 관할 세무서에는 수정된 사업장별 부가가치세 과세표준 및 납부(환급)세액 명세서를 제출해야 합니다.
주된 사업장 관할 세무서에 납부하는 것이 아니라, 수정신고 사유가 발생한 종된 사업장의 관할 세무서에 납부해야 합니다. 만약 주된 사업장 관할 세무서에 납부할 경우, 납부 불성실 가산세가 적용될 수 있습니다.
관련 판례는 오래되지 않은 것으로 보입니다. 국세청의 질의회신 사례에 따르면, 총괄납부 승인을 받은 사업자가 수정신고를 하는 경우, 수정신고서는 수정사유가 발생한 사업장 관할 세무서에 제출함과 동시에 추가 납부할 세액도 납부해야 합니다. 주된 사업장 관할 세무서에는 수정된 사업장별 부가가치세 과세표준 및 납부(환급)세액 명세서를 제출해야 합니다.