독립대리인과 종속대리인의 가장 큰 차이점은 외국법인과의 관계에서 법적·경제적 종속성 여부입니다.
종속대리인은 외국법인과 법적 또는 경제적으로 종속된 지위에 있으며, 외국법인의 세부적인 지시와 포괄적인 통제를 받습니다. 또한, 사업상의 위험을 외국법인이 부담하거나 거의 전적으로 특정 외국법인을 위하여 대리행위를 하는 경우에 해당합니다. 종속대리인의 사업장은 외국법인의 국내사업장으로 간주되어 국내 법인세 납세 의무가 발생할 수 있습니다.
반면, 독립대리인은 법적·경제적으로 외국법인으로부터 독립된 지위에 있으며, 외국법인의 세부적인 지시나 포괄적인 통제를 받지 않습니다. 또한, 대리인 스스로 사업상의 위험을 부담하며, 불특정 다수의 외국법인을 위하여 활동할 수 있습니다. 독립대리인은 종속대리인과 동일한 사업활동을 하더라도 독립된 지위로 인해 국내사업장이 아닌 것으로 간주될 수 있는 예외적인 개념입니다.
따라서 외국기업이 국내에서 대리인을 두는 경우, 해당 대리인이 종속대리인에 해당하는지 독립대리인에 해당하는지에 따라 국내사업장 유무가 결정되고, 이는 외국기업의 국내 사업소득에 대한 과세권 유무에 중요한 영향을 미칩니다.