상가 건물의 관리비를 별도로 징수하는 경우, 해당 관리비는 부가가치세 과세 대상에 해당하므로 세금계산서를 발행해야 합니다. 다만, 관리비 중 전기료, 수도료 등 입주자가 부담해야 할 공공요금을 별도로 구분하여 징수하고 납입을 대행하는 경우에는 해당 공공요금 부분은 부가가치세 과세표준에 포함되지 않습니다.
따라서 관리비 전체에 대해 세금계산서를 발행하는 것이 원칙이나, 공공요금 납입 대행분에 대해서는 별도로 구분하여 관리해야 합니다. 만약 관리비 수령이 원활하지 않더라도, 관리 용역을 제공했다면 그에 대한 세금계산서를 교부해야 합니다.