사업의 포괄양수도에 해당하는 경우, 부가가치세법상 재화의 공급으로 보지 않으므로 원칙적으로 세금계산서를 발행하지 않습니다.
이는 사업의 동일성이 유지되면서 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계하는 거래에 해당하기 때문입니다. 만약 포괄양수도 요건을 충족함에도 불구하고 세금계산서를 발행하게 되면, 양수자는 매입세액 공제를 받지 못하거나 가산세가 부과될 수 있습니다.
다만, 사업의 포괄양수도 해당 여부가 불분명하거나, 포괄양수도에 해당함에도 불구하고 세금계산서를 발급한 경우 등에는 '사업 양수자 대리납부 제도'를 활용할 수 있습니다. 이 제도를 통해 양수인은 부가가치세를 관할 세무서에 대신 납부하고, 추후 매입세액 공제를 받을 수 있습니다.
사업의 포괄양수도 해당 여부는 실질에 따라 신중하게 판단해야 하며, 잘못된 판단은 납세자에게 불이익을 초래할 수 있으므로 전문가와 상담하는 것이 좋습니다.