환급받지 못한 인지세는 국세청 고시에 따라 환급 절차를 거쳐 처리됩니다. 전자수입인지로 납부한 경우, 국세청 홈택스 또는 관할 세무서에 환급 신청서를 제출해야 합니다. 이때 전자문서에 대한 인지세 납부 사실을 확인할 수 있는 내용이 포함된 과오납(미사용)확인서가 필요할 수 있습니다. 나라장터 등 특정 시스템을 통해 구매한 경우, 해당 시스템에서 발급하는 미사용확인서가 필요할 수 있습니다. 만약 국세청 시스템에서 수입인지 고유번호로 납부액의 과오납(미사용) 여부를 조회할 수 있다면 별도의 확인서 발급이 필요 없을 수도 있습니다. 다만, 행정수수료 성격의 수입인지는 세무서가 아닌 해당 수입인지를 제출한 기관에서 환급 처리가 가능합니다.