전자세금계산서를 발급 및 전송한 경우에는 매출처별 세금계산서합계표 제출 의무가 면제됩니다. 따라서, 매출세금계산서를 발급기한까지 전자발급하고 전송하였다면, 매출처별 세금계산서합계표 제출 불성실 가산세는 적용되지 않습니다.
다만, 부가가치세 신고 시 신고서 금액과 합계표 금액이 달라 전산 오류가 발생하여 사업자가 해명해야 하는 불편함이 발생할 수 있으므로, 전자세금계산서를 발급하여 전송한 경우에도 매출처별 세금계산서합계표의 '전자세금계산서 발급분 합계란'에 기재하여 제출하는 것이 권장됩니다. 이 경우 거래처별 명세를 작성할 필요는 없습니다.