사업과 직접 관련 없는 지출: 관리사무소 운영과 무관한 개인적인 지출은 매입세액 공제가 되지 않습니다.
면세사업 관련 매입세액: 관리사무소가 면세되는 재화나 용역을 공급받기 위한 매입세액은 공제받을 수 없습니다. 만약 관리사무소가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우, 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 총공급가액 중 면세 공급가액 비율에 따라 안분 계산하여 면세사업에 관련된 부분은 공제되지 않습니다.
세금계산서 미수취 또는 부실 기재: 적법한 세금계산서를 발급받지 못했거나, 세금계산서에 필요적 기재사항이 누락되거나 사실과 다르게 기재된 경우 매입세액 공제가 제한될 수 있습니다.
접대비 및 유사 비용 관련 매입세액: 사업과 관련하여 지출한 접대비 및 이와 유사한 성격의 비용에 관련된 매입세액은 공제되지 않습니다.
비영업용 소형승용차 관련 비용: 사업과 직접적으로 관련이 없는 비영업용 소형승용차의 구입, 임차, 유지에 관한 매입세액은 공제받을 수 없습니다.
사업자등록 전 매입세액: 원칙적으로 사업자등록을 신청하기 전에 발생한 매입세액은 공제되지 않으나, 예외가 인정될 수 있습니다.
또한, 상가 입주자들이 자치관리기구를 조직하여 고유번호를 부여받고 세금계산서를 교부받은 경우, 해당 관리기구가 실질적으로 재화나 용역을 소비하는 입주자들에게 세금계산서를 교부할 수 있으며, 이 경우 입주자들이 교부받은 세금계산서상의 매입세액은 공제될 수 있습니다. (국세청 2007. 10. 16.자 서면인터넷방문상담3팀-2824 참고)