사업의 일부만 양도하는 경우에는 원칙적으로 포괄양수도 계약으로 인정되지 않습니다.
포괄양수도 계약은 사업장별로 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것을 의미합니다. 따라서 사업의 일부만을 양도하는 경우에는 사업의 동일성이 유지되지 않거나 모든 권리·의무의 포괄적 승계 요건을 충족하지 못하여 부가가치세가 과세될 수 있습니다.
다만, 둘 이상의 사업장이 있는 사업자가 그 중 하나의 사업장에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하는 경우는 사업의 포괄양도에 해당합니다. 하지만 하나의 사업장에서 두 가지 이상의 사업을 하는 사업자가 어느 한 부분의 사업만을 양도하는 경우에는 사업의 포괄양도에 해당하지 않습니다.
사업의 포괄양도에 해당하지 않는 경우, 양도자는 세금계산서를 발행하고 부가가치세를 납부해야 하며, 양수자는 해당 부가가치세를 매입세액으로 공제받을 수 있습니다. 만약 포괄양수도에 해당함에도 세금계산서를 발행하는 경우, 양수자는 매입세액 불공제 및 신고불성실가산세가 적용될 수 있으므로 주의가 필요합니다.