특수관계자를 상근 임원으로 등록하고 높은 급여를 지급할 경우, 다음과 같은 문제점이 발생할 수 있습니다.
법인세법상 손금불인정: 임원에게 지급하는 급여는 정관, 주주총회 또는 이사회 결의 등 합리적인 기준에 따라 결정되어야 합니다. 만약 지급된 급여가 회사의 규모, 경영 성과, 임원의 직무 내용 등에 비추어 과도하다고 판단될 경우, 법인세법상 손금으로 인정받지 못하여 법인세가 추징될 수 있습니다. 특히, 특수관계자에게 지급되는 급여는 더욱 엄격하게 심사될 수 있습니다.
부당행위계산 부인: 특수관계자에게 정상적인 거래 관행에 비해 현저히 높은 금액으로 급여를 지급하는 경우, 이는 부당행위계산의 부인 대상이 될 수 있습니다. 이 경우, 세무 당국은 해당 거래를 부인하고 정상적인 거래에 따른 세액으로 다시 계산하여 법인세 및 소득세를 추징할 수 있습니다.
업무상 횡령죄 적용 가능성: 정당한 절차 없이 과도한 급여를 지급하는 것은 회사의 자금을 부당하게 유출하는 행위로 간주되어 업무상 횡령죄로 형사 처벌받을 위험이 있습니다. 이는 주주총회 결의 등을 거치지 않거나, 결의가 있더라도 그 내용이 합리성을 결여하는 경우에 해당될 수 있습니다.
세무조사 시 문제 발생: 특수관계자에게 높은 급여를 지급하는 경우, 세무조사 시 주요 쟁점이 될 수 있으며, 이에 대한 소명 자료를 철저히 준비해야 합니다. 실제 근무 여부, 직무 내용, 지급 기준의 합리성 등을 입증하지 못할 경우 추징으로 이어질 수 있습니다.