세금계산서 발행 시 공급가액에서 세액을 원단위로 절사하고 비고란에 "세액 원단위 절사"라고 기재하는 것은 일반적으로 문제가 되지 않습니다.
세법상으로는 국고금 관리법에 따라 10원 미만의 끝수는 계산하지 않고 전액을 계산하지 않도록 규정하고 있습니다. 또한, 부가가치세법상 세금계산서의 공급가액과 세액은 명확히 구분하여 기재해야 하지만, 실무적으로는 소수점 이하 금액이나 1원 단위의 차이가 발생하는 경우 이를 절사하거나 반올림하여 처리하는 것이 관행적으로 허용되고 있습니다.
다만, 이러한 경우에도 공급가액과 세액의 합계액이 실제 거래 금액과 크게 차이가 나지 않도록 주의해야 하며, 세금계산서와 실제 거래 금액 간의 차이가 발생할 경우 그 사유를 명확히 설명할 수 있어야 합니다. 견적서와 세금계산서의 금액이 일치하지 않아 혼동을 줄 수 있으므로, 가능한 한 견적서의 금액을 세금계산서에 그대로 반영하는 것이 좋습니다.