25년 9월 말 중도퇴사 후 소득이 없는데, 특별세액공제 등이 미반영된 것이 종합소득세 신고 대상이 되는 이유가 전 회사에서 기본공제만 넣고 연말정산을 했기 때문인가요?

네, 맞습니다. 2025년 9월 말 중도 퇴사 후 소득이 없더라도, 전 직장에서 기본공제만 적용하여 연말정산을 진행했기 때문에 종합소득세 신고 대상이 됩니다.

중도 퇴사자는 퇴사하는 달의 급여를 기준으로 연말정산을 하게 되며, 이때는 본인 및 부양가족에 대한 기본공제와 국민연금, 고용보험료 등 별도 증빙 없이 확정 가능한 항목만 반영하여 약식으로 정산합니다. 따라서 의료비, 교육비, 신용카드 사용액 등 다양한 특별세액공제 항목이 반영되지 않은 상태로 정산이 마무리됩니다.

이후 퇴사자가 당해 연도 내에 재취업하지 않고 연말을 넘기게 되면, 본인이 직접 다음 해 5월에 종합소득세 신고를 통해 누락된 공제 항목(특별세액공제 등)을 반영하여 최종적으로 세금을 정산하고 환급받게 됩니다. 따라서 2025년 9월까지 발생한 근로소득에 대해 2026년 5월 종합소득세 신고 시 누락된 공제 항목을 반영하여 신고하셔야 합니다.