특수관계인에게 부동산을 임대하고 건물 착공 시점으로 임대료를 계산하여 일괄 수취하는 경우, 세금계산서 발급 시기는 해당 임대료를 실제로 받기로 한 때 또는 받은 때가 됩니다.
부가가치세법상 용역의 공급시기는 원칙적으로 대가의 각 부분을 받기로 한 때이며, 여러 과세기간에 걸쳐 대가를 선불 또는 후불로 받는 경우에는 용역이 제공되는 예정신고기간 또는 과세기간의 종료일을 공급시기로 봅니다. 또한, 공급시기 전에 세금계산서를 발급하는 경우에는 그 발급한 때를 공급시기로 간주하는 특례가 있습니다.
귀하의 경우, 건물 착공 시점으로 임대료를 계산하여 일괄 수취하기로 하는 협약이 있었다면, 해당 협약에 따라 임대료를 받기로 한 시점이 세금계산서 발급 시기가 될 수 있습니다. 만약 실제로 임대료를 수취한 시점이 있다면 그 시점이 공급시기가 됩니다.
다만, 특수관계자 간의 거래이므로 약정된 임대료가 시가보다 현저히 낮거나 무상으로 임대하는 경우, 부당행위계산 부인 규정이 적용되어 시가를 기준으로 과세될 수 있습니다. 이 경우, 실제 약정된 공급시기와 관계없이 시가를 기준으로 과세표준이 산정될 수 있습니다.