선입주 조건의 주택 매매에서 부가가치세법상 재화의 공급시기는 원칙적으로 재화가 이용가능하게 되는 때입니다. 귀하의 경우, 선입주 시점이 계약금 납부 2년 전이고 소유권 등기 이전일이 2년 후이므로, 선입주 시점에 재화가 이용가능하게 되는 것으로 보아 해당 시점을 공급시기로 판단할 수 있습니다.
이는 부가가치세법 제9조 제1항 제2호에 따라 재화의 이동이 필요하지 않은 경우 재화가 이용가능하게 되는 때를 공급시기로 규정하고 있기 때문입니다. 비록 소유권 이전 등기가 2년 후에 이루어지더라도, 매수인이 해당 주택을 사용·수익할 수 있는 상태가 되는 선입주 시점에 재화의 공급이 이루어진 것으로 간주됩니다.
따라서, 선입주 시점에 세금계산서를 발급하고 부가가치세를 신고·납부해야 합니다.