네, 개인 종합소득세 성실신고 확인대상 사업자가 교육비 세액공제를 받는 경우, 해당 세액공제액에 대하여 농어촌특별세(농특세)가 부과될 수 있습니다.
농어촌특별세법에 따르면, 조세특례제한법에 따라 감면 또는 공제를 받은 경우 농어촌특별세 납세의무가 발생할 수 있습니다. 성실신고확인대상 사업자가 교육비에 대한 세액공제를 적용받는 것은 조세특례제한법 제122조의3에 따른 성실사업자에 대한 공제에 해당하며, 이는 농어촌특별세 비과세 대상에 포함되지 않습니다.
따라서 교육비 세액공제를 통해 감면받는 소득세액에 대해 농어촌특별세가 과세되며, 세율은 일반적으로 감면세액의 20%가 적용됩니다.