중소기업에 취업한 청년의 경우, 소득세 감면 혜택은 종합소득세를 먼저 납부한 후 환급받는 방식이 아니라, 연말정산 시 감면 신청을 통해 세금 납부액 자체를 줄이는 방식으로 적용됩니다.
즉, 감면 대상 근로자는 '중소기업 취업자 소득세 감면 신청서'를 작성하여 회사에 제출하면, 회사는 이를 바탕으로 연말정산 시 감면세액을 반영하여 근로소득세를 계산하게 됩니다. 따라서 별도로 세금을 납부했다가 환급받는 절차를 거치지 않고, 처음부터 납부해야 할 세금 자체가 줄어들게 됩니다.
만약 감면 신청을 누락하여 이미 세금을 더 납부한 경우에는, 경정청구를 통해 초과 납부한 세금을 환급받을 수 있습니다. 이 경우에도 종합소득세 신고 시점에 직접 환급받는 것이 아니라, 별도의 경정청구 절차를 통해 진행됩니다.