고용증대세액공제를 적용받는 경우, 농어촌특별세가 과세됩니다. 공제받은 세액의 20% 상당액을 농어촌특별세로 납부해야 합니다. 다만, 이는 당기에 공제받은 금액에 한하며, 이월된 세액공제액에는 해당하지 않습니다. 만약 인원 감소로 인해 고용증대세액공제가 추징되는 경우에는 기납부한 농어촌특별세는 경정청구를 통해 환급받을 수 있습니다.
통합고용세액공제(기존 고용증대세액공제, 사회보험료세액공제 등이 통합된 제도) 역시 농어촌특별세 과세 대상에 해당합니다.