네, 홈택스에 자동으로 공제 항목으로 분류된 내역 중 개인적으로 사용한 지출을 제외하고 직접 정리하신 내역대로 종합소득세 신고를 진행하셔도 괜찮습니다. 홈택스에서 제공하는 자동 분류는 편의를 위한 것이므로, 실제 사업과 관련 없는 개인적인 지출은 필요경비로 인정받을 수 없습니다.
따라서 사업과 관련 없는 지출은 제외하고, 사업 관련 지출만 정확하게 집계하여 종합소득세 신고 시 필요경비로 반영하시면 됩니다. 이 과정에서 증빙 자료를 철저히 관리하는 것이 중요합니다. 정확한 신고를 위해 세무 전문가와 상담하시는 것을 권장합니다.