조세조약상 제한세율이 국내세법상 세율보다 낮은 경우에는 조세조약상의 제한세율이 우선 적용됩니다. 이는 조세조약이 국내세법에 대해 특별법으로서의 지위를 가지기 때문입니다.
따라서, 비거주자의 이자, 배당, 사용료 소득 등에 대해 원천지국에서 과세할 수 있는 최고 세율이 조세조약에 의해 제한되는 경우, 해당 제한세율을 초과하여 과세할 수 없습니다. 예를 들어, 국내세법상 원천징수세율이 15%이지만, 체결된 조세조약상 제한세율이 10%라면 10%까지만 과세할 수 있습니다.
다만, 조세조약 적용 대상 조세에 지방소득세가 포함되는지 여부에 따라 세율 적용 방식이 달라질 수 있습니다. 지방소득세가 포함되는 경우, 국세와 지방세의 세율을 합한 총 세율이 조세조약상 제한세율을 초과하지 않도록 배분하여 적용하게 됩니다.