원천징수영수증에 기재된 소득세 금액은 이미 납부한 세액으로서, 종합소득세 신고 시 해당 연도의 총 결정세액에서 차감되는 방식으로 공제받게 됩니다. 즉, 원천징수된 세액은 이미 납부한 금액이므로 추가적으로 공제받는 개념이 아니라, 최종적으로 납부해야 할 종합소득세에서 이미 납부한 금액만큼을 제외하여 납부할 세액을 확정하는 것입니다.
종합소득세 신고 시에는 해당 과세기간의 모든 종합소득(이자, 배당, 사업, 근로, 연금, 기타소득)을 합산하여 총소득금액을 계산하고, 여기서 각종 소득공제를 적용하여 과세표준을 산출합니다. 이후 산출세액을 계산하고, 이 산출세액에서 이미 납부한 세액(원천징수된 세액 포함)과 세액공제 및 감면액을 차감하여 최종적으로 납부하거나 환급받을 세액을 결정하게 됩니다.
따라서 원천징수영수증에 기재된 소득세 금액은 종합소득세 신고 시 '기납부세액'으로 공제되어 최종 납부할 세액을 줄이는 역할을 합니다. 만약 원천징수된 세액이 최종 결정세액보다 많다면 그 차액만큼을 환급받게 됩니다.