종합소득세 신고 시 이월결손금은 발생한 과세기간의 소득에서 먼저 공제해야 하며, 임의로 공제 대상을 선택할 수 없습니다. 따라서 2016년도에 발생한 이월결손금은 해당 연도의 소득에서 먼저 공제되어야 하며, 만약 2016년도 소득에서 공제하고도 남은 이월결손금이 있다면, 그 잔액에 한하여 이후 과세기간의 소득에서 공제가 가능합니다.
이월결손금은 발생한 과세기간의 종료일부터 10년 이내에 끝나는 과세기간의 소득금액을 계산할 때, 먼저 발생한 과세기간의 이월결손금부터 순서대로 공제해야 합니다. 이는 납세자가 자의로 과세표준 및 세액을 왜곡하는 것을 방지하기 위함입니다.