정산제도는 납세자가 납부한 세액과 실제 납부해야 할 세액 간의 차이를 조정하는 제도를 의미합니다. 주로 연말정산이나 종합소득세 신고 시에 활용되며, 이미 납부한 세금이 실제 부담해야 할 세금보다 많을 경우 초과 납부한 금액을 환급받거나, 반대로 부족할 경우 추가 납부하게 됩니다.
예를 들어, 연말정산 시 근로소득자는 연간 총급여액에서 각종 소득공제 및 세액공제를 적용하여 최종 결정된 세액을 계산합니다. 이미 원천징수로 납부한 세금이 이 결정세액보다 많으면 그 차액만큼을 환급받게 되는데, 이를 정산이라고 합니다. 반대로 결정세액이 원천징수 세액보다 많으면 추가 납부하게 됩니다.
또한, 지역가입자의 건강보험료는 일반적으로 2년 전 소득을 기준으로 부과되는데, 소득 변동이 발생했을 경우 정산 제도를 통해 실제 소득에 맞게 보험료를 조정하게 됩니다. 소득이 줄었다면 환급을, 늘었다면 추가 납부를 하게 되며, 이는 보통 매년 11월에 고지됩니다.