중도퇴사자의 연말정산 시 회사는 퇴직하는 달의 급여를 지급할 때 연말정산을 실시해야 합니다. 이때, 연말정산 계산 구조에 따라 총급여액부터 시작하여 근로소득금액, 소득공제, 과세표준, 산출세액, 세액공제를 거쳐 결정세액을 산출합니다. 최종적으로 결정세액에서 이미 납부한 세액(기납부세액)을 차감하여 납부할 세액 또는 환급받을 세액을 확정합니다.
만약 연말정산 결과 환급세액이 발생하는 경우, 회사는 해당 환급액을 퇴직하는 달의 급여 지급 시 근로자에게 함께 지급해야 합니다. 만약 환급세액이 해당 월의 급여에 대한 원천징수금액보다 많을 경우, 회사는 원천징수 관할세무서장에게 환급을 신청하여 초과액을 돌려받을 수 있습니다.
한편, 중도퇴사자가 연말정산 시 공제받지 못한 항목이 있다면, 다음 해 5월 종합소득세 신고 기간에 직접 신고하여 추가로 공제받거나 환급받을 수 있습니다. 이때 전 직장의 근로소득원천징수영수증이 필요하며, 이는 퇴사 다음 해 3월 중순부터 홈택스에서도 조회 및 발급이 가능합니다.