성실신고확인대상자가 성실신고확인서를 제출하지 않을 경우, 종합소득세 산출세액의 5%에 해당하는 가산세가 부과될 수 있습니다. 만약 둘 이상의 사업장을 운영하는 사업자가 소규모 사업장에 대해 성실신고확인서를 제출하지 않으면, 해당 사업장에 대해 위 계산식에 따른 금액과 사업소득 총수입금액의 0.02% 중 더 큰 금액이 가산세로 부과됩니다.
또한, 성실신고확인대상자가 성실신고확인서를 제출하지 않는 등 납세 협력 의무를 이행하지 않으면 수시 세무조사 대상으로 우선 선정될 수 있습니다.