종합소득세 신고 시 이월결손금이 있는 경우, 원칙적으로 해당 과세기간의 종합소득과세표준 계산 시 근로소득금액, 연금소득금액, 기타소득금액, 이자소득금액, 배당소득금액에서 순서대로 공제해야 합니다. 즉, 이월결손금 공제 시기 및 금액을 납세자가 임의로 선택하여 다음 과세기간으로 이월시키는 것은 불가능합니다.
다만, 예외적으로 종합과세 대상인 배당소득 또는 이자소득 중 기본세율을 적용받는 부분에 대해서는, 해당 소득금액의 범위 내에서 결손금 및 이월결손금의 공제 여부와 공제 금액을 납세자가 결정할 수 있습니다. 이는 소득세법 제45조 제5항에 명시되어 있습니다.
일반적인 사업소득의 경우, 결손금이 발생하면 해당 과세기간의 다른 종합소득에서 먼저 공제해야 하며, 공제 후 남은 금액이 이월결손금이 되어 다음 과세기간으로 이월됩니다. 장부를 비치·기록하지 않고 추계신고를 하는 경우에는 이월결손금 공제가 불가능합니다.
따라서 금융소득종합과세 대상이 아닌 일반적인 상황에서는 이월결손금을 선택적으로 공제받지 않고 다시 이월시키는 것은 원칙적으로 허용되지 않습니다.