분뇨 처리 용역 중 정화조 청소와 같이 오수처리시설 등 관리업 허가를 받아 제공하는 용역은 부가가치세가 과세됩니다. 다만, '오수ㆍ분뇨 및 축산폐수의 처리에 관한 법률'에 따라 분뇨 관련 영업 허가를 받은 사업자가 공급하는 분뇨의 수집ㆍ운반ㆍ처리 및 정화조 청소 용역은 부가가치세가 면제됩니다.
청소 용역의 경우, 소독 용역과 같이 의료보건 위생 용역에 필수적으로 부수되는 경우가 아니라면 일반적으로 부가가치세가 과세됩니다. 예를 들어, 아파트 단지에 대한 청소 용역은 부가가치세가 과세되는 것으로 판단된 사례가 있습니다.