고용증대세액공제액 중 소득세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못하고 이월된 금액이 있는 경우, 이후 과세연도에 상시근로자 수가 최초 공제연도보다 감소하면 이월된 세액공제액 중 일부를 소득세로 납부해야 합니다.
구체적으로는, 조세특례제한법 시행령 제26조의7 제5항에 따라 계산된 금액을 공제받은 세액의 한도 내에서 소득세로 납부해야 하며, 나머지 이월된 금액은 이월공제액에서 차감됩니다. 이러한 사후관리는 최초 공제연도 종료일부터 1년이 되는 날이 속하는 과세연도 종료일까지의 기간 중 변동이 발생한 경우에 적용됩니다.
예를 들어, 2021년도에 고용증대세액공제액 2,500만원 중 1,100만원(청년등 감소분)과 1,400만원(청년등 외 감소분)을 합한 2,500만원을 납부(추징)해야 하는 상황에서, 만약 이월된 세액공제액이 존재한다면, 해당 이월액에서 위 납부(추징)해야 할 금액을 차감하게 됩니다.