통합고용증대세액공제에서 2차년도에 상시근로자 수가 추가로 증가하여 총 200만원을 공제받는 경우, 이는 1차년도 공제액 100만원과 중복되는 것이 아니라, 2차년도에 증가한 상시근로자에 대한 공제액이 별도로 산정된 결과입니다.
세액공제는 각 과세연도별로 직전 과세연도 대비 상시근로자 수 증가분을 기준으로 계산됩니다. 따라서 1차년도에 1명당 100만원을 공제받았고, 2차년도에 1명이 추가로 증가하여 총 2명이 되었다면, 2차년도에는 증가한 1명에 대한 공제액(100만원)이 추가로 적용되어 총 200만원을 공제받게 되는 것입니다. 이는 1차년도 공제액에 2차년도 증가분에 대한 공제액을 더하는 방식입니다.
다만, 세액공제를 받은 과세연도부터 2년 이내에 상시근로자 수가 감소하는 경우에는 조세특례제한법 시행령 제26조의7제5항에 따라 이미 공제받은 세액의 일부를 추징당할 수 있으니 유의해야 합니다.