농어촌특별세를 신고하지 않거나 잘못 신고하여 납부하지 않은 경우, 가산세가 부과될 수 있습니다. 다만, 농어촌특별세는 교육세와 함께 부가세목으로 간주되어, 신고 의무 위반에 대한 신고불성실가산세는 적용되지 않습니다. 대신 납부 지연에 따른 납부불성실가산세가 부과될 수 있습니다.
만약 세액공제 등으로 인해 농어촌특별세가 과소 신고되었거나 환급받아야 할 세액이 있는 경우, 이를 소득세 등 다른 세금의 납부세액에 충당하는 신청을 할 수 있습니다. 이 경우, 충당 신청된 금액만큼 소득세 납부세액이 줄어들게 됩니다.