기차표 구매 시 발생하는 부가가치세는 매입세액 공제가 불가능합니다. 이는 여객운송 용역이 원칙적으로 부가가치세 면세 대상이지만, 항공기, 고속철도(KTX), 고속버스, 택시 등은 예외적으로 과세 대상임에도 불구하고 세금계산서 대신 영수증만 발급 가능하기 때문입니다. 부가가치세법상 매입세액 공제를 받기 위해서는 원칙적으로 세금계산서를 교부받아야 하므로, 영수증만으로는 공제가 인정되지 않습니다. 또한, 신용카드매출전표 등을 통한 매입세액 공제 특례 대상에도 해당하지 않아, 기차표 구매 시 지출한 부가가치세는 공제받을 수 없습니다.
다만, 업무와 관련하여 지출된 기차표 비용은 부가가치세 매입세액 공제는 되지 않더라도, 회계상 비용으로 처리하여 소득세 신고 시 필요경비로 인정받을 수 있습니다. 따라서 여비교통비로 카드 매입 불공제 처리하는 것은 가능합니다.